Pendirian SMK Bahari Cilegon Abadi (BCA) Merak tidaklah berlangsung dalam waktu singkat, melainkan melalui perencanaan yang panjang.  SMK Bahari Cilegon Abadi (BCA) Merak adalah suatu cita-cita dari para pendiri yayasan yang ingin memberikan kemudahandan kesempatan kepada para lulusan SMP yang berada diwilayah Kota Cilegon dan sekitarnya untuk dapat menuntut ilmu dibidang teknologi pelayaran pada tahun 1999 tepatnya didaerah Merak, pendiri yayasan melihat bahwa Sumber Daya Alam Kota Cilegon yang notabennya adalah sebuah Kota Maritim disamping Industri.

Ijin operasional bagi SMK Bahari Cilegon Abadi (BCA) Merak, yaitu Surat Keputusan Pendirian sekolah dari Kepala Kantor Wilayah Departemen Pendidikan Nasional Propinsi Jawa Barat Nomor : 2594/I02.1/Kep/OT/2000 Tanggal : 07 Desember 2000. Maka SMK Bahari Cilegon Abadi (BCA) Merak dipimpin oleh kepala sekolah waktu itu Capten RM. Syafari, MSc hingga Oktober 2000. Dan November 2000 SMK Bahari Cilegon Abadi (BCA) Merak,  dipimpin oleh Yoyok Subiyakto, S.Pd seorang guru PNS yang di amanatkan untuk membina SMK Bahari Cilegon Abadi (BCA) Merak.

SMK Bahari Cilegon Abadi (BCA) Merak memiliki 1 (satu) Bidang Keahlian, yaitu  Pelayaran dan 2 (dua) Program Keahlian, yaitu :

1.    Teknik Kapal Niaga

2.    Nautika Kapal Niaga

Seiring berlalunya waktu, ternyata minat masyarakat Kota Cilegon dan sekitarnya untuk menekuni profesi sebagai pelaut berkurang, maka sejak tahun 2005 SMK Bahari Cilegon Abadi (BCA) Merak menjadi SMK Bahari Cilegon Abadi (BCA) Cilegon karena hijrah dari Merak ke daerah Kecamatan Cibeber yang masih di wilayah Kota Cilegon. Dengan membuka Bidang Keahlian Teknik Mesin dengan Program Keahlian Teknik Mekanik Industri yang pada Desember 2007 Program Keahlian tersebut telah Terakreditasi Berdasarkan Keputusan Badan Akreditasi Sekolah/Madrasah Provinsi Banten Nomor : 05/BAP-S/M-SK/XII/2007 hingga tahun 2012. Pada tahun pelajaran 2009/2010 SMK BCA Cilegon menambah Bidang Keahlian baru yaitu Bisnis dan Manajemen dengan Program Keahlian Akuntansi . dan pada tahun pelajaran 2013/2014 SMK BCA Cilegon membah Program Keahlian Baru yaitu Adminitarsi Perkantoran dan Program Keahlian Teknik Kendaraan Ringan.